父島からさらに船を乗り換えて、2時間で到着する母島は、東京諸島最遠の島です。小さなビーチと亜熱帯の森が繁るトレッキングコースが充実しているので、観光スポットが点在しにぎやかな父島と比べると、世界自然遺産登録地ならではの大自然に向き合う静かな旅が向いています。そのためか、シュノーケリングなど海のレジャーに最適な7月・8月の夏休み期間はもちろんのこと、日差しのおだやかな3月・4月、10月から12月にかけても山のレジャーを求めて来島者が訪れます。なお、崩落等により一部登山ルートが利用できない場合があるので、事前に現地の最新情報を確認することを忘れずに。

母島のオフシーズンは父島の場合と同じように、竹芝港と父島をつなぐおがさわら丸の就航状況に影響されます。船がドック入りする数週間（毎年不定期）は、父島同様に母島へ訪れること自体が難しくなるので、訪問を検討する前に船の予定を確認しましょう。その年によって変動のあるという点では、小笠原の梅雨入りにもご注意を。例年、5月頃に梅雨入りし6月中旬に梅雨明けとなります。
大きなホテルやコンビニは無く、民宿や商店がひとつの集落にまとまっている母島。だからこそ、島内が休業モードになるオフシーズンよりも、人々が集う過ごしやすい気候の時期の訪問をおすすめします。